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转录组测序公司在线播放_转录组测序公司推荐(2024年11月免费观看)

内容来源：威名网所属栏目：导读更新日期：2024-11-26

转录组测序公司

两周挑战单细胞分析D9：小白必看心得分享最近几天因为忙得不可开交，一直没来得及更新。今天终于有时间来汇报一下这两周的进度和心得。之前我已经把Linux和R的基础知识学了一遍，对转录组测序的基本流程也有了大概的了解。今天终于开始分析单细胞测序数据了，真是激动人心的一天！我一直在四五个学习资源之间疯狂切换，试图找到最适合自己的方法。首先，我浏览了公司给我的下机数据，发现他们包分析到细胞亚群注释，但具体的代码和阈值都不会给我。于是我决定从fastaq文件开始，自己动手做上游分析。之前我只知道cellranger可以做10x的上游分析，但今天才知道不同测序平台有自己的上游分析流程。比如我选择的BD平台，就应该用BD官方流程来分析。我仔细看了公司给我的表达矩阵等文件，发现他们确实是用BD官方流程。为了确认这个流程里的参数设置是否影响结果，我在BD测序官网找到了该流程的用户手册，发现里面并不涉及主观的参数设置，说明我可以放心使用这个流程出来的表达矩阵。于是上游分析就可以省略了。接下来就是下游分析了。首先要了解你选择的测序平台上游分析出来的文件格式和类型，一般都是mtx等三个文件。然后就可以直接匹配上大多数单细胞课程里讲解的用各个R包的下游分析，跟着流程一步步走。今天的心得体会： 1️⃣ 一定要对自己使用的测序平台有深入的了解。小白最好确保公司下机结果出到表达矩阵，不然自己做上游分析需要根据不同平台跑不同的流程，难度直接拉满。而且要知道各个单细胞平台的优势和正常结果，比如BD平台免疫细胞亚群中如果没有中性粒细胞就不正常等。 2️⃣ 对于一个内容要选择多个学习资源。比如我看的生信技能树的视频，很多例子实际都是针对10x或者smartseq，不太适用于我。我就去BD官网找他们自己出的分析流程来看，一边看一边比对。上游分析的详细流程如果你赶时间可以选择略过，直接从表达矩阵之后的下游分析开始看，但也要知道上游分析的基本流程。 3️⃣ 单细胞测序的核心是需求导向。在做单细胞测序前，心里就应该有一个大致规划，要重点放在什么细胞亚群上，要有什么结果。因为单细胞测序分析的各种参数选择都很主观，所以要熟悉自己的样本和需求。希望这些心得能对大家有所帮助！加油！𐟒ꀀ

大学生如何高效学习生物信息学？最近有不少小伙伴，包括大学生、研究生，甚至刚毕业的打工人，都在问我如何学习生物信息学（Bioinformatics）。大家的目的各不相同，有的为了申请研究生、发论文，有的为了毕业要求，还有的只是想提升自己的技能。今天我就来分享一些我的个人经验，希望能帮到大家。大学生入门指南 𐟎“ 对于大学生来说，一个不错的选择是通过中国大学MOOC（慕课）来学习生物信息学。我备考研究生时，就看过山东大学生物信息学的课程，完全是免费的！这个课程作为一个初级入门，能让你对生物信息学有一个粗略的认识。当然，如果你对英文课程更感兴趣，加拿大生物信息中心有一个非常全面的系列课程。它会分模块讲解，比如癌症、基因组高通量测序的应用、宏基因组测序数据分析等等。每个模块都很详细，非常值得学习。研究生进阶之路 𐟚€ 对于研究生来说，自学编程和掌握数据分析的基本技能是必须的。无论是R语言还是Python，编程能力都是核心竞争力。不过，自学编程可能会有点枯燥，所以我建议最好报一个补习班，付费学习。这样一来，通过系统的培训，你不仅能学到更多知识，还能更有自信地将这些技能应用到实际项目中。当然，如果你有很强的自学兴趣和驱动力，自学也是可以的。但要注意学习时长和效率，以及自学完后是否能有效地进行课题项目。目标明确的学习计划 𐟓… 如果你的目标是进入生物医药企业，那么最好有目标且系统地学习编程实践技能。这个行业发展迅速，需要你有快速解决业务需要的编程能力。你可以在小破站上找到一些免费的入门课程，比如“生信技能树”和“鲮鱼不会飞”，这些都是我亲自学习过的课程，收获颇丰。高效学习的方法 𐟒ኊ如果你希望将编程知识直接应用到项目课题中，完成毕业要求或发论文，那么最好选择付费学习项目制的高阶课程。特别是针对性的项目复现，比如全基因组测序分析、全转录组测序、单细胞测序以及甲基化、代谢组、蛋白组学分析等。这些与你课题相关的内容，学习后就能直接应用到课题中，效率最高，目的性也最强。希望这些建议能帮到你们，祝大家都能高效学习，早日达成自己的目标！𐟒ꀀ

农艺与种业硕士的出路大家好！这里是岁岁打工日记𐟓š。今天我们来聊聊农学专业的就业方向，特别是作物遗传育种和农业信息学。希望这些信息能帮到正在迷茫的你！ 𐟌𑣀作物栽培】研究方向：耕作方式和栽培技术对植物产量和生长的影响；植物和土壤理化性质的测定，如光合作用、氮磷钾含量、产量测定等；田间实践，掌握栽培技术。就业对口：农业种业公司（如先正达、隆平高科、大北农、电商农业等）；农科院、农业局、农业推广所；教学科研行政（科研助理、教师编、公务员）。优点与缺点：每年招生较多，考研竞争相对较小；田间工作较多，实验辛苦，实验室工作相对较少；研究方向偏向大田，对口工作对农业依赖性较高。 𐟌𑣀作物育种】研究方向：传统育种、转基因育种和种质资源；传统育种：杂交育种等，耗时较长，涉及杂交种鉴定、分子标记测定等；转基因育种：诱变育种、分子育种、转基因组培等，涉及基因组学、遗传鉴定、WB、ELISA、CRISPR编辑、蛋白组/转录组测序；种质资源：群体性状及基因评估，结合生物信息与基因组学，涉及分子标记、物种集群、进化分析等。就业对口：大部分同作物栽培；各类生物类公司（如测序、生物原材料、IVD、生命科学、生物药）；做过免疫蛋白类实验的可以考虑CRO做多肽抗体一类；做过分子类实验的可以考虑IVD分子业务或者做基因靶点生物药公司；做过测序类实验的可以考虑生物测序、品种鉴定公司；做过质谱分析/IP-MS的可以考虑药企食品化学分析岗位。优点与缺点：湿实验较多，实验失败概率高；依旧需要下地，工作量可能和栽培差不多；后代遗传育种周期长，侧重作物应用，生物技术创新较少。篇幅有限，欢迎大家自行补充！下一篇将详细讲解农艺与种业/农业信息学的就业及行业整体薪资。如果你感兴趣，记得关注哦！

诺禾致源的温柔小姐姐们，太赞了！诺禾致源的转录售后组的小姐姐们，真的是温柔到让我这个女生都心动不已！𐟒“ 她们不仅有耐心，情绪还特别稳定，声音也超级好听。𐟎砦졩‡到问题，她们总能一步步引导我解决，真的超级厉害！𐟑 我记得有一次，我遇到了一堆组学数据的问题，老师把一个转录组丢给我分析，结果发现是三年前的数据。有些东西我找不到，有些东西也没弄清楚。于是，我决定去找诺禾致源的售后。一开始，我遇到了一位二代测序的小姐姐，她听我讲了好久的问题，然后我报了项目号。结果她没检索到，以为是三代测序，于是给了我三代测序小姐姐的号码。这次我报对了项目号，但还是没检索到，因为原本就是二代测序。𐟘… 最后，我终于找到了二代测序的小姐姐，这次我学会了先报项目号，终于成功检索到了问题。她们的业务能力真的太强了，能准确理解我要描述的每一个点，告诉我一步一步该怎么做，问题也都顺利解决了。𐟑 一个好的公司，除了强大的业务能力，还要有优质的售后服务。诺禾致源的售后小姐姐们，真的是我遇到过的最温柔、最有耐心、最专业的团队。希望组学能便宜点，这样我就能更轻松地使用了。𐟒𘊊总之，诺禾致源的售后服务真的太棒了，感谢这些温柔的小姐姐们！❤️

高通量基因检测：揭秘生命背后的奥秘 𐟔 你有没有听说过“高通量基因检测”？简单来说，这项技术可以在一次检测中，同时分析多个样品中成千上万个基因的变化。是不是很酷？不过，别急，咱们得先搞清楚这到底是怎么做到的。高通量检测：一次搞定多个基因 𐟚€ 高通量检测技术主要依赖于特定的仪器和设备。它不仅能检测DNA、RNA和蛋白的丰度，还能检测这些分子的修饰程度，比如蛋白的磷酸化和DNA的甲基化。这项技术通常不会自己操作，而是需要将处理好的样品送到专门的检测公司。各种芯片和测序技术 𐟧슊目前，比较成熟的高通量检测技术主要有芯片和测序两种。芯片技术主要分为基因芯片和蛋白芯片，可以在核酸和蛋白水平上进行检测。比如：基因芯片：主要检测DNA和RNA的变化。蛋白芯片：主要检测蛋白质的变化。这些芯片针对不同的核酸或蛋白质，比如表达谱芯片和转录组芯片主要检测mRNA水平的变化，而IncRNA和miRNA芯片则聚焦于非编码RNA。甲基化芯片用于检测基因组DNA或mRNA的甲基化，而SNP芯片则用于检测基因组水平上的单个核苷酸变异。测序技术：更精准的检测 𐟔 高通量测序则是通过测定核酸的序列来获取基因变化的信息。比如：转录组测序：可以检测样本中所有转录本的集合及其丰度。全基因组重测序：通过对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组重测序和序列比对，找到大量的SNP、InDel、CNv等信息。小RNA测序：针对miRNA、siRNA和piRNA等小RNA进行测序。 circRNA测序：通过去除样本中的rRNA和线性RNA分子，特异地富集circRNA分子后测序。总结高通量基因检测技术真的是个宝藏，它不仅能让我们更深入地了解基因的变化，还能帮助我们诊断疾病、预测疾病风险，甚至开发新药。不过，这项技术也需要专业的设备和知识来解读结果，所以通常我们会把样品送到专业的检测公司进行操作。希望这篇文章能帮你更好地理解高通量基因检测的原理和应用！如果你对这项技术感兴趣，不妨继续深入了解哦！𐟌ˆ

实验外包：你真的了解吗？𐟤” 实验外包其实是个挺普遍的现象，尤其是在实验室里，不是所有的实验都能自己搞定。比如，二代测序、转录组、蛋白质组学或者单细胞测序这些高大上的实验，基本上都是同学把样本准备好，送到我们这种公司去做，然后我们把数据返给他们，通常还会附带分析。𐟓Š 还有一种情况是自己实验室能做，但交给公司做更划算。比如病理学实验，自己取了组织后，如果自己处理，得买一大堆东西。而交给公司，他们不仅帮你做成蜡块或者切好，甚至有的实验室连克隆都是我们做的。𐟒𐊊最重要的一点是：实验外包并不违反学术道德！所以，有需要的同学可以放心联系我们。𐟔찟“쀀

剑桥大学全奖博士项目：乳腺癌转移研究 𐟏력� ᧮€介剑桥大学，坐落在英国剑桥郡，是一所享誉全球的公立研究型大学。这所历史悠久的学府采用传统的学院制，是罗素大学集团的成员，也是全球大学校长论坛的一部分。剑桥大学以其卓越的学术成就和创新能力而闻名，被誉为“金三角名校”、“Doxbridge”和“G5”，在QS世界大学排名中位列第二。 𐟔젩ṧ›‚述该项目主要研究基因组不稳定性对肿瘤微环境和乳腺癌转移治疗反应的影响。具体来说，项目将探索基因组不稳定性的不同机制如何改变转移性乳腺肿瘤细胞与肿瘤微环境之间的相互作用。肿瘤微环境（TME）由免疫细胞、成纤维细胞、内皮细胞和其他非癌细胞组成，对癌症进展的各个方面产生影响，从肿瘤起始到转移扩散和对治疗的反应。 𐟛 ️ 技术手段在项目实施过程中，成功的申请人将利用一系列尖端技术，包括CRISPR、单细胞转录组测序、空间转录组学和成像质量流式细胞仪，来绘制乳腺癌小鼠模型中转移灶的TME和空间组织。此外，还将有机会参与使用最新单细胞基因组测序和基于遗传条形码的克隆谱系追踪方法研究转移性病变的遗传进化和克隆结构。 𐟒𐠥喥�‡‘信息该项目由汉农教授和阿帕里西奥教授共同持有的美国国防部（DOD）拨款资金支持。奖学金包括全额大学和学院费用，以及每年21,000英镑的津贴，为期3年，并根据需要提供进一步一年的资金。 𐟌Ÿ 总结剑桥大学的这个全奖博士项目为有志于研究乳腺癌转移机制的学者提供了一个难得的机会。通过利用先进的实验技术和设备，项目参与者将能够深入探索基因组不稳定性的作用，为乳腺癌的治疗和预防提供新的思路和方法。

GO富集流星图，一眼抓人！ GO富集分析是一种在转录组测序和单细胞测序后常见的分析方法。GO数据库包含BP、CC、MF三大类别，是了解生物过程和转录变化的有力工具。如何将这些类别分别展示，并且按顺序排列，以吸引眼球呢？这里我们使用ggplot2来美化你的数据（灵感来自gzh：老俊俊的生信笔记，这位大佬在GitHub上分享了许多好看好用的R包）。 𐟌 富集流星图展示：除了分类展示并标注基因比率和数量，我们还添加了黄色的基因比率趋势线，并且确保了按顺序排列。这样的展示方式，不仅清晰，还能一眼抓住观众的注意力。 𐟓Š 传统GO富集分析代码：图2展示了传统的GO富集分析代码，虽然简洁，但信息量有限。 𐟔堥•𔦵星图代码和输入文件：图3-4展示了完整的流星图代码和输入文件，细节丰富，便于理解和操作。通过这些步骤，你可以轻松绘制出令人眼前一亮的GO富集流星图，为你的研究增添亮点！

转录组趋势图：基因表达模式的新视角 𐟓ˆ 趋势图的概念：热图的“好伙伴”，帮你找到关键基因趋势分析是转录组数据解析的重要一步。它基于双向聚类热图的结果，通过基因表达模式的相似性，将基因分成不同的cluster。每个cluster内的基因很可能在生物学功能上有所关联。趋势图上的蓝色趋势线能直观地展示不同类型基因在样品间的表达量变化情况。这使得我们能够缩小分析范围，专注于那些对实验结果有重要影响的基因。举个例子，在进行药物疗效的转录组测序分析时，我们可以在空白对照、疾病和药物处理三组中，寻找那些表达量先增高后降低，或者先降低后增高的基因cluster。这些cluster内的基因可能是我们感兴趣的目标，通过热图展示或功能富集分析，我们可以更有效地筛选出目的基因。总之，趋势图不仅是一个视觉工具，它还能帮助我们理解和解释复杂的转录组数据，从而更好地了解基因的功能和它们在生物过程中的作用。

TWEAK保护肝脏，揭秘！论文摘要 𐟓œ 肝缺血再灌注损伤（IRI）是一种常见的严重并发症，通常与失血性休克、肝切除和移植有关。本研究旨在探讨肿瘤坏死因子样弱凋亡诱导因子（TWEAK）在肝I/R损伤中的作用及其潜在机制。利用人肝类器官（HLO）的缺氧-复氧模型和小鼠热缺血再灌注损伤模型，我们系统地研究了TWEAK、其受体Fn14和HIPPO信号通路之间的相互作用。研究结果显示，TWEAK预处理显著减轻了小鼠肝脏中的IRI以及HLO中的缺氧/复氧损伤。值得注意的是，给予腺相关病毒（AAV）以敲除Fn14消除了TWEAK在小鼠模型中的保护作用。转录组测序分析显示，TWEAK和Fn14之间的相互作用通过激活HIPPO信号通路增强了细胞对IRI的抵抗力。创新点 𐟌Ÿ 揭示了TWEAK在肝脏IRI中的作用，并阐明了其通过激活Hippo信号通路来保护肝脏的潜在机制。这是首次将TWEAK与Hippo信号通路在肝脏IRI中的保护作用联系起来。系统地研究了TWEAK与其受体Fn14之间的相互作用，以及这种相互作用如何通过Hippo信号通路增强细胞对IRI的抵抗力。特别是，通过使用腺相关病毒（AAV）敲低Fn14，研究者们揭示了TWEAK保护效果的依赖性。利用人类肝脏类器官建立了一个缺氧再氧模型，模拟IRI的体外环境，这为研究肝脏IRI提供了一个新的实验平台。通过转录组测序分析，研究者们发现TWEAK和Fn14的相互作用通过激活Hippo信号通路来增强细胞对IRI的抵抗力，这一发现为理解TWEAK的保护机制提供了分子层面的证据。研究结果表明TWEAK是一个有前景的治疗靶点，可以用于减轻肝脏IRI，可能改善肝脏移植的结果。这一发现为开发新的治疗策略提供了科学依据。

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